《中華人民共和國種子法》《中華人民共和國農產品質量安全法》《中華人民共和國食品安全法》等法律，均對農業轉基因生物管理作出了相應規定。其中，《種子法》對轉基因植物品種的選育、試驗、審定、推廣和標識等環節作出專門規定；《農產品質量安全法》明確，屬于農業轉基因生物的農產品，應當按照農業轉基因生物安全管理的有關規定進行標識；《食品安全法》規定，生產經營轉基因食品應當按照規定進行標識。
轉基因標識與安全性無關。轉基因產品的安全性，在安全評價環節及安全證書頒發時已得到確認，標識的核心目的是保障消費者的知情權與選擇權。依據《農業轉基因生物標識管理辦法》和國家標準《農業轉基因生物標簽的標識》，中國對轉基因大豆、玉米、油菜、棉花、番茄等5類作物、17種產品實行按目錄定性標識——凡是列入標識管理目錄且用于銷售的農業轉基因生物，即便最終產品檢測不出轉基因成分，也必須依法進行標識。需要說明的是，目前我國市場上無轉基因番茄產品。
歐盟、美國、中國管理轉基因的原則為何有差異？
由于各國在農業發展水平、生態環境與生物多樣性保護需求，以及經濟結構、貿易格局和文化認知等方面存在差異，因此各國在堅持科學原則的基礎上，會根據本國利益需求與國情，制定不盡相同的轉基因安全管理制度及法規。
在轉基因食品監管方面，歐盟態度極為嚴謹，采取嚴格管控方式，將“預防原則”作為管制轉基因食品的理論基礎，強調對研發過程的安全評價管理——即關注產品研發階段是否采用轉基因技術，并通過專門法規對其進行管理與限制。一種轉基因食品需經過歐盟成員國和歐盟層面的雙重批準，方可在歐盟境內上市銷售；同時，歐盟強制要求對轉基因食品實行嚴格的標簽制度與追蹤制度。
作為轉基因食品出口大國，美國對轉基因食品的安全管理態度與歐盟截然不同。美國主要遵循“實質等同原則”，實行以產品為核心的管理模式，即重點關注產品本身是否存在實質性安全問題，而非其是否采用轉基因技術。無論是否為轉基因產品，僅當有科學證據證明其存在安全隱患且可能造成損害時，政府才會采取管制措施。
大部分發展中國家對轉基因食品的態度及監管原則，介于歐盟與美國之間，采取相對折中的立場。我國對轉基因食品堅持“積極、謹慎”的基本態度，在遵循國際通行指南的基礎上，綜合借鑒美國和歐盟的管理經驗，結合本國國情農情，構建了“既針對產品、也針對過程”的安全評價體系，以全面確保轉基因產品安全。2015年新修訂的《中華人民共和國食品安全法》進一步明確，生產經營轉基因食品應當按照規定進行顯著標示。
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