友民寺建于南朝，至今已有1400年的歷史。佑民寺最早被稱為大佛寺。梁朝時期，豫章王(豫章是南昌古代的昵稱)的老師葛鱘家有一口井，里面住著龍。豫章王特意做了一尊大佛像來鎮住龍。后來葛鱘把房子捐出來建寺廟，因為供奉了鎮龍的大佛像，所以叫大佛寺。唐代，大佛寺改名為開元寺。
禪宗八祖馬祖道在佑民寺住了15年，開創了洪州宗。784年，新羅(也就是現在的韓國)僧侶來到開元寺參觀當時住在馬祖的弟子西唐智藏禪師，贏得了西唐智藏的賞識，將法號改為道德，傳授禪門心法。除了道德，智藏禪師的新羅弟子還有洪指、惠哲禪師等，回韓國開創了實相山派、桐裹山派。九世紀初，禪宗在韓國形成了禪門九山
隋唐時期，大佛寺香火十足。唐開元年間(713-741)，大佛寺奉賢改名為開元寺。此時寺內香火不減當年，梵音長播，名聲遠傳，不僅名為中國，而且遠離海外。據《中朝佛教文化交流史》記載，開元年初，新羅(今韓)僧人金大悲。住在洪州開元寺(即南昌佑民寺)。洪州在唐大歷時期(766-799)改名鐘陵。大歷八年(773)，中國禪宗八祖之尊的釋道一移錫人住鐘陵開元寺，在此弘法15年。
釋道一(709-788)，俗姓馬，漢州什邡(今四川什邡縣)人。他年輕時出家于義內羅漢寺。20歲時，他在渝州圓律師座下接受足戒后，游學到南岳衡山(今屬湖南省)。他不得不放手，以磨磚不能成鏡，坐禪不能成佛為例。隨后，隨侍釋懷9年，得授心印。幾年后，釋道一前往福建，在建陽佛跡嶺(今屬福建省)開法，廣弘南宗頓悟宗風。唐天寶三年(744)前后，釋道率眾遷錫江西。到大歷八年(773)，釋道一率眾移居鐘陵開元寺。
佑民寺許多佛像和千佛缸，缸外裝飾著90多尊佛像，神態各異，古樸端莊。缸上有許多佛像，在中國很少見。后殿有一型銅佛像，莊嚴珍貴。在佑民寺右側，一座四層角形的鐘樓保護著佑民寺。鐘樓內懸掛一口大銅鐘，十世紀南唐時期鑄造，重5000多公斤，高二點三米，周長四點七米。鐘樓建于1929年。
據說朱元璋曾微服佑民寺，寺僧一再問他的名字，朱元璋大為惱火，便題詩一首在殿壁上，說：余盡江西數萬兵，腰間劍壓留腥。野僧不認識山河主，只是他的名字。題罷便扔筆而去，并說要嚴懲寺僧。寺僧非常害怕，就在一云游僧晚上在這里睡覺的時候，他抹去了墻上的原詩，又寫了一首，說:御筆題詩不敢留下來，留下來的時候怕鬼神愁；好的是經常洗河，還有毫光射斗牛。后來，當朱元璋準備問罪時，讀完新詩后就不再追究了，并稱贊寺內大人在。
嘉慶年間，后殿鑄銅引佛一尊，高1.6丈，重3.6千斤。民國時期，南昌民間諺語江西窮是窮，還有3.6萬銅指此。
民國初期，北洋軍閥強占佑清寺為營房。此后，國民黨軍隊實際上將寺廟宮殿作為軍火庫劃分為禁區，僧侶們被驅逐，香火中斷。此外，駐寺軍多次在寺內引發火藥爆炸，寺廟受到嚴重破壞。起義軍在1927年八一起義戰役中，攻打了國民黨軍隊彈藥庫南昌佑清寺。1929年，南昌居士姚國美、曾非等與南海行宮住持恒定和尚共同修復佑清寺。
姚國美帶頭捐贈了數萬元的診療費用，并聯系眾同籌集凈資金，重建大雄寶殿，重建山門，重建念佛堂，重塑佛像。姚國美主持在山門右側房開設中醫診所，施醫舍藥，以藥金收入，供寺內香火油金。山門左側房辟為佛經流通處。四層四角形鐘樓(位于今環湖路4號)建在寺西側，普賢寺銅鐘移原。修復完成后，姚國美等共議將寺名改為佑民寺。
隨后，姚國美聯系了南昌居士林（又稱覺集念佛林），參與了佑民寺念佛堂的建立。此前后，釋慈舟、釋印光和居士梅光羲先后到佑民寺講經。西藏諾那呼圖克圖及其弟子貢卡大師也先后在佑民寺啟壇并傳道。
1966年6月，文化大革命開始后，佑民寺遭到破壞，宮殿建筑、寺廟佛陀、菩薩雕像和武器被破壞。僧侶們被趕出山門，3萬金的銅佛像被鋸掉了。除了頭，它們都被熔化了。寺廟庭院被其他單位和個人占有。
文化大革命結束后，1986年，中共南昌市委、市人民政府決定修復佑民寺，撥出專項資金遷出寺內占用單位和居民。第二年春天，鐘樓和藥師佛殿修復完成。今年4月，省佛協常務理事全部被釋放為住所。寺廟中斷20多年的香火可以復燃。隨后，省佛協副秘書長兼常務理事釋達定為監院。在國內外四弟子的幫助下，尤其是香港寶蓮寺方丈釋圣多次捐款，佑民寺修復工程進展迅速。1991年1月2日(農歷11月2日)，佑民寺隆重舉行大鐘大鼓開響儀式，中斷了20多年的鐘鼓復響。
