萬華禪院位于貴州省平壩縣境內的高峰山上。高峰山是西南旅游勝地，奇峰聳立，怪石嵯峨。中央峰高約1000米，自北面登上山腰，進入一個小山口，中間有一塊五畝大上的盆地，萬華禪院便坐落其中。禪院周圍群峰環繞，左邊山嶺突起三峰，為面壁峰、玉異峰、寶塔峰、右邊山嶺也有三峰，為福壽峰、天門峰、蓮花峰。此地層巒疊翠，古木參天，景致十分優美。其中有號稱“高峰八景”的“獨印把關”、“烏鴉早朝”、“平地煙霞”、“怪石蟋龍”、“玉屏夾道”、“羅漢撞鐘”、“南天門”、“金滿斗”等。另有明初建文皇帝“西來面壁”石刻遺跡。明朝旅行家徐霞客登臨游覽后，曾于他的《游記》中贊嘆此處“得天獨厚”。
高峰山作為佛教弘法道場，始于元末明初。據寺中碑石記載：高郵秀峰禪師，云游貴州，見此山毓秀鐘靈，實為佛門寶地，遂駐錫于此。經多方募化，陸續建成一座五楹兩廂的禪院。秀峰和尚請經傳法，一時間信士云集，香火旺盛。永樂四年(1406年)秀峰之后，其大弟子本體接任住持，高立法幢，大開戒壇，盛況不亞于其師在世之時。
明建文四年(1402年)，燕王朱棣起兵攻入南京，篡奪帝位，建文帝化裝成和尚逃出皇宮，此后一直浪跡于西南各地。永樂十七年(1420年)至高峰山，拜晤本體和尚，語甚相契。本體為其建禪臺于現今題有“西來面壁”四字的懸崖之下。據傳這四字即為建文帝怕書，山門外原有二人合抱的兩株銀杏(已毀于“文革)亦為其親植。建文帝寫有許多詩詞，并著有《從亡傳》一部。乾隆年間安順進士陳鳳儀來游此山，瞻仰古禪臺遺址，留詩一首：“金川門啟帝閣空，天下云游寄梵叢。跡困緇流防病虎，山藏古寺臥潛龍。不堪回首六宮火，最是傷心十族忠。怪得文皇無覓處，托詞猶說訪三豐。”
本體圓寂后，其徒覺順住持，覺順圓寂后由昌照住持。至成化年間(1466-1478年)，萬華禪院始衰。
清順治七年(1650年)，川東雙桂堂自然和尚來貴州，親睹高峰天然勝景及建文遺跡，發心修復古寺。經十方信眾鼎力支持，數年間禪院落成，開堂傳戒，皈依弟子千余。迨至雍乾時期，每年收入逾千石，常住百余僧，可謂盛況空前。
咸豐年間，因太平天國戰亂，禪院落遭火梵，百棟殿宇變成瓦礫。光緒二十九年(1903年)，貴陽了塵和尚應知縣趙文煒之請，約集空月、原知二僧重振禪院，幾年之后，萬華禪院已初具規模。主要建筑有山門、接引殿、金剛樓、大雄寶殿、法堂、玉佛閣、韋馱殿、靈官堂、半山亭及兩廂僧房，共46間，均為磚木結構，建筑宏偉，布局謹嚴，飛檐危閣，十分壯觀。寺內供奉佛像四十余尊，另珍藏由日本所請《大藏經》一部，了塵大師精研佛理，尤擅詩詞，在當時文壇頗負盛名，有《了塵文集》十本留世。
宣統元年(1909年)萬華寺禪院成為十方叢林，始接納大德。民國八年(1919年)廣妙法師任禪院住持，新建藏經樓及僧舍。民國二十年(1931年)貴州省佛教會會長平剛法師推薦寺內慧海、道慧、寒竹、印法、明照等八人入“重慶漢藏教理院”學習，使僧眾佛理水平得以提高。
民國三十一年(1942年)持省、定安兩位高僧將叢林改為委員制，成立“貴州高峰佛學院”，邀請貴陽各寺院高僧、居士及寺內僧眾舉行會議，組織董事會，推舉平剛為董事長，定安老和尚為副董事長，恭請中國佛教會會長。太虛任命剛從佛學院畢業的慧海法師來黔主持院務。慧海、印順、玄哲幾位法師分別任課。至1946年，川、滇、黔三省青年學僧來此就學者達五十余人。
1949年后，梵清、明軒兩位和尚任住持，率十余僧眾，自耕自食，農禪兼修。“文化大革命”期間，殿宇佛像被毀，僧眾遭遺散。
1992年當地政府計劃恢復萬華禪院，禮請覺銳和尚前來主持寺務。此進的萬華禪院，僅余僧人墓塔數十座，到外是斷壁殘垣，荊棘荒榛。覺銳法師民愿重建禪院，光復舊貌。在他的奔走宣傳之下，四眾弟子及有關部門慷慨解囊，大力襄助，首先修筑上山公路和祖師塔。覺銳法師不辭辛苦，每天參加勞動，指揮工程進度，監督施工質量。1995年，擬定了建設高峰山及萬華禪院的十年規劃。三年之內，接連建起了圍墻、接引殿、大雄寶殿、法堂、藏經樓、閉關室及前后二院的兩廂僧舍，新建17米高的地藏塔。左右兩山的銀崖峭壁上分別雕出六米高的石佛及“西方極樂世界”、“南無阿彌陀佛”等崖刻。此外，在山上還遍植杉樹，綠化環境，點襯寺宇。如今的萬華禪院已經面貌一新，殿閣巍峨，風景秀麗，不僅是貴州佛教活動的重要場所，也成為大壩附近的一大旅游勝地。
寺內現有墓塔24座，碑刻5塊，另珍藏佛經6部，舍利數十粒。
