太平古剎仰仗三寶慈光、諸佛菩薩加被及特殊的風水寶地和優美勝景，加之以人文歷史而馳名。太平巖寺位于廈門市園林植物園萬石山，在廈門市中山公園東南方，獅山、五老峰北面。巖寺環境優雅，巨巖重疊，林木蔥郁，山徑高崖夾道，狹窄如帶。巖前四塊巨石天然疊合，狀如笑口大開，上鐫“石笑”二字。側峰復有數方巨巖，形態酷肖大象朝拜。山中崖石，多名人題刻。諸方游僧喜歡此幽靜之地，尤其是近代高僧弘一大師、廣欽老和尚曾在此結茅為廬參禪清修。
太平巖寺初為道教宮觀，始建于明萬歷年間(1573-1620年)，中祀玉皇大帝，稱“太平觀”。 明末清初，鄭成功據金、廈兩島抗清，常以太平巖為閑暇時讀書之所。鄭成功東渡，遂毀。
清乾隆初年(1736—1745)年，南普陀寺住持如淵和尚募資復建，辟為蓮花道場，佛宇禪房，左右數椽。并于巖前大石上鐫刻“極樂天”三字，改太平觀為“太平巖”。嘉慶年間(1796—1820年)舉人林云青倡修。
民國23年(1934)年，富商、居士蔣以德添建一大殿于寺左。40年代初，南普陀寺執事釋轉岸任住持，因出國募化，寺務交由女弟子瑞孟姑主持。不久，復由萬石巖會泉法師女弟子李宏綢接手代理。
民國37年旅居菲律賓華僧性愿和尚捐資創辦“覺華女子佛學苑”，由弟子陳珍珍主持教務。建國后，菜姑李宏綢主持寺務。
1975年寺巖由市園林管理處收管，改為“茶人之家”，對外營業。
2000年8月，在市宗教局佛教協會及圣輝大和尚的支持下，世澄法師自籌資金，并與園林管理局達成協議，正式恢復對太平巖寺的使用權，僧伽正式入住，并舉行隆重的觀音菩薩進殿儀式。
2001年制訂巖寺建設規劃，組織實施。
2004年4月15日舉行隆重的修復奠基典禮，是年8月大殿寶殿破土動功。
2008年6月15日舉行大雄寶殿落成、佛像開光、圓通寶殿奠基典禮、并啟建水陸大齋勝會。整個法會活動儀式隆重，如法如律，清凈莊嚴，法喜充滿。
群山懷抱之中的太平巖寺依勢而建錯落有致，寺院建筑整體布局嚴謹，自外而進依次為山門、鐘鼓樓、圓通寶殿、大雄寶殿、左右兩側為僧舍、右側有藏經樓、地藏殿、法堂、上客堂、放生池，寺內佛像莊嚴景色秀麗，寺左的青龍溪和右白虎溪形成了雙龍拜佛之勢流淌到山門前，殿前殿后均有一片蒼翠的小竹林，向世人昭示這里是一處難得的清凈優雅的修身之地。
太平巖寺今日的興旺鼎盛與現任住持世澄法師慈悲的辛勤付出是難以分開的。他奔波忙碌、籌措善款，殫精竭慮，積聚人力物力，歷時八載，將昔日荊棘叢生，荒草遍野之地，一變而為莊嚴道場。慈悲的法師提倡人間佛教思想，凈化人心、為佛法興盛，盡心竭力。法師常說：“修行，就是在挑戰人生最難、最大的事情，當我們遇到困難時，如果能夠克服，就是一種快樂。因為容易的事沒有挑戰性，一點也不好玩；若是遭遇很大的挑戰，卻能克服，那時的快樂才是真的快樂，那時的享受也才是真的享受。所以一旦修行成道，你就得到了世間的至樂，因為再也找不到比這個更艱難的事情了。所以修行在享受什么？就是在享受挑戰巔峰”！
古剎莊嚴古樸、氣宇不凡，具著佛教文化的肅穆和原始生態的靈性，巖寺一園一塔、一殿一佛、一山一水皆如有靈之物熠熠生輝，法堂法音不斷，動靜相依、兩得益彰，滋潤著人們的心靈，寺院與周邊的景色自然融合，吸引十方禮佛香客之集，為如畫的山水更添神秘色彩，盛世萬事興，政通人和、法緣殊勝，八方傳佳音，太平巖寺佛光普照前程似錦，眾心歸一，將為弘揚中國佛教文化和利樂有情增添新生。
