靈石寺位于福建省福清市東張鎮的靈石山麓，坐落于磅礴百余里、其勢插天、峰巒九疊的靈石山主山芙蓉峰下。創建于唐大中元年(847年)。初由林、趙二姓舍地，由常誦“七俱胝咒” 的元修和尚修建為庵。唐大中四年(850年)，始修建精舍名為“翠石院”。唐懿宗敕賜“靈石俱胝院”，有庵堂36個，僧眾二千多人，田地千畝，山林萬畝。宋朝寺院興盛，入明后漸衰。明萬歷四十三年(1615年)高僧性麟和尚募緣，寺院有所修復，形成今天的規模。是時葉向高過訪寺院，曾贈詩《靈石訪同我禪師》一首。少司空何喬遠說：“相國遺詩尚可尋，山僧藉上鎮祗林。”給復興寺院以很大的支持。性麟和尚示寂后，其上首弟子曹源繼主法席，重建法堂，請方冊《大藏經》，內勤禪戒，外嚴道場，“諸徒子皆能仰遵遺范，克肖前懿”，靈石寺又恢復了生機。清康熙二年(1663年)，道霈禪師募建天王殿，重修大雄寶殿，保留至今，而唐朝建筑僅存六根柱礎。民國二十一年寺院遭土匪搶劫，僧眾離散，寺院荒廢。民國三十年，福州地藏寺比丘尼性慈法師、德欽法師率眾尼到寺開荒和整修寺院，此后遂為尼眾叢林。1945年抗日戰爭勝利后，靈石寺仍由性慈比丘尼住持。
1953年，靈石寺有18名比丘尼，土地四十多畝，雇工二人耕種。1964年靈石山建立林業墾殖場，與靈石寺簽定協議，保護禪寺，負責寺中比丘尼的生活、福利待遇，包括承擔老弱尼姑照顧、護理、醫藥費、埋葬費等責任。
“文化大革命”期間，佛像、法器均被搗毀。1979年后，逐步歸還寺產。1984年4月，請回妙賢法師重振道場，福清縣人民政府撥款，整修大雄寶殿。各種佛像由僑僧、法師、信士捐資雕塑。1986年建起一座新山門。1987年殿宇整修一新，塑造的釋迦牟尼、地藏菩薩、伽藍菩薩、十八羅漢等佛像也告竣工。
寺以山門、大雄寶殿為中軸線，左右側為寬敞的回廊，兩廊旁有法堂、鐘鼓樓、禪房、客房等，構成了一組規模宏大的建筑物，其中大雄寶殿非常壯觀，系重檐歇山頂土木結構建筑，進深三間11米，面闊三間，每間5.2米，朝南偏東40度，柱礎為唐朝蓮花礎，直徑1.08米，井盆式的木構架梁，藻井彩會龍鳳、飛天、寶蓋蓮花、牡丹等圖案。壯麗美觀。寺內有不同年代制作的鐘、鼓、磬、淘米石器和靈石全景圖的木刻板，還有極其珍貴的丫型鐵樹一株。1981年2月25日，列為縣第一批重點保護文物。
靈石寺周圍皆山。《三山志》載：靈石山峻拔逾千仞，層林積翠，飛泉漱玉、風景優美。山中有通靈石、報雨峰、仙人巖、仙人碑、留云峰、碧仙洞、戲龍瀑等勝景。還有“石香入手摩挲久”的香石。手摩之有香氣，故名靈石，古寺亦因此得名。朱熹曾作《游靈石》七言律詩一首，道出了靈石的逸致：“百尺樓臺九迭山，個中風景脫塵寰。危亭勢枕蒼霞古，靈石香沾碧蘚斑。佳境每因勞企仰，勝游未及費躋攀。何當酬卻詩書債，遂我浮生半日閑。”
